■心輝協会（ブレイザーズ・ヘイヴン）

・魔法少女による魔法少女のための相互扶助・相互監視組織

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　各国政府と協力関係にある、民営の心輝者登録機関。略称「協会」。
　心輝者やその協力者たちが新世界の秩序を維持する為に設立したものであり、心輝者による「相互扶助」と「相互監視」の二つの側面を持つ。
　《崩壊の日》からそう経たないうちに設立された機関であり、中心メンバーには三十年間、心輝者をやっている者も居る。
　その為か、心輝者が抱える諸々の問題は把握しており、どうしようもない人員不足の中でも対処に尽力している。
　心輝者がその活動に人生の多くを捧げている場合、どうしても「生活」の問題が出てくる。
　そして、社会的に切羽詰まった後にはもはや退けなくなり、他の心輝者を犠牲にしてでも願望を叶えるしかない状況に陥ってしまう。
　そんな状況を少しでも回避させる為に、心輝協会では確認済みの《眷属》や悪質な心輝者の討伐／捕縛依頼を出し、成功者に金銭的報酬を出すことで間接的に社会適応を手助けしている。

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　また、何の知識や技術もなく心輝者が戦いに巻き込まれ、すぐに命を失ってしまう事態を避けるため、新しく覚醒した心輝者を発見次第、使者を送って組織への登録を促している。
　彼女たち「初心者」に対してはベテランの心輝者が付き、基礎的な戦闘技術や社会情勢などを教えていく。
　但し、それほど人員の数に恵まれている組織ではないため、覚醒した心輝者の把握と接触が行えているのは全体の半数程度というのが実情である。

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　心輝者の社会的地位維持・上昇の為のプロパガンダに長けており、彼女たちの喧伝によって現在、心輝者もとい「魔法少女」は「女子の憧れの職業・第一位」となっている。

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　主に都会に事務所があり、櫻岡市にある本部は職員・心輝者向けの宿舎、食堂、体育館などが併設されている大規模なものとなっている。
　一方で支部は、土地を確保出来ずビルの１フロアを事務所として使用するに留まっているものが多い。
 

■超常案件対策局（ちょうじょうあんけんたいさくきょく）

・社会秩序の保全を志す、「普通の人」の為の国家機関

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　日本政府直属の、超常的案件――すなわち《眷属》や心輝者に関わる案件に対処する機関。略称「対策局」。
　このような組織は、《崩壊の日》の被害を免れて現在もある程度秩序を保っている各国に存在する。
　しかしその全てが、心輝者に関する対応について心輝協会の後塵を拝している。

 

　本組織もその例に漏れず、現状を恥じるがあまり、しばしば過激な対応を取ることがある。
　所属しているのは通常の人間が大半。基本的には《眷属》にも心輝者にも太刀打ち出来ないが、実働部隊には人間の身でありながらそのような超常存在に挑まんとする修羅たちが何人か居る。
　現局長「東岸透理」の組織改革によって、最近まで「未知の存在」として遠ざけられていた心輝者を、協力者として内側に引き入れるようになった。

 

　実のところ、国家機関だけあって心輝協会よりも所属心輝者に与えられる給料が高い。
　一方で、心輝者に対する教育に必要な知見が整っているとは言えない。その為、覚醒してすぐにこの組織に所属した者は、心輝者としての独立が難しくなる傾向にある。

■魔法監獄
・魔法少女専用の監獄

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　櫻岡市に存在する心輝者専用の刑務所であり、正式名称は「櫻岡第二刑務所」。
　超常的能力を有するが故に既存の刑務所では対応出来ない心輝者を収容する為に造られた。
　その性質上、職員にも何名かの心輝者がおり、凶悪かつ強力な少女たちの脱獄を阻んでいる。

　なお、心輝協会や超常案件対策局は捕らえた反社会的心輝者の扱いを司法に委ねるのが基本であり、私刑を行うことは推奨していない。
　しかし実際には「戦闘になってやむを得ず殺害してしまった」というパターンが多々ある。
　無論、本当に「やむを得なかった」か、つまり「《心核》欲しさに殺してはいないか」は怪しいことも多い。

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■解放機関
・「魔法少女の為の世界」を目指す、反体制的魔法少女たちによる秘密結社

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「一般人ではなく、より強い力を持つ心輝者こそが世界を支配するべきだ」という思想のもと、各国政府や心輝協会といった組織との戦いを繰り広げている秘密結社。
　各地に小規模な支部があり、会社や店舗、場合によっては学校の部活動などを隠れ蓑にしている。
　心輝者至上主義であるため人員の殆どは心輝者であり、一般人に関しては彼女たちが次の時代の支配者となる未来に賭けた一部の物好きが協力するに留まっている。
　ただ、その「物好き」には大企業の重役も幾らか混じっており、彼らが活動資金を提供しているという噂もある。
　基本的に仲間の心輝者に対しては手厚くサポートする。但し「《心核》を集める為、積極的に敵対する心輝者を攻撃すべき」といった危険思想を広めている面もある。

■天空の鳥（フライハイト）
・社会を拒絶したアウトサイダーな魔法少女たちの集い

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　秩序、或いは混沌を目指す各組織のどれにも順応出来ず、かといって自らの力を忘れて「普通の人」として生きていくことも選べない孤独な心輝者たちによって構成される、自然発生的な集団。

　心輝者のコミュニティにおいて、『鳥』はしばしば彼女たちを示す隠語となる。
　端的に言えば「不良集団」なのだが、良くも悪くも自由主義的であるため、集団としての統率性や強固な方針は無い。

「魔法の力で恐喝して金品を略奪する」など本当に不良のような犯罪行為に及ぶ者も居るし、政府やその他の組織に対する反体制的行動に出る者も居るし、単に心輝者同士で馴れ合いたいだけで過激思想は持たない者も居る。

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　メンバーが必ずしも社会に反する振る舞いをする訳ではないが、どのような形であれ「承認されないこと」に苦しんでいる少女たちが多い。
　そんな苦悩がエスカレートして「心輝者は特別な存在なのだから、普通の人間に対して何かを憚る必要はない」という解放機関のような考えに行き着いてしまいがちである。

■新世救済会（しんせいきゅうさいかい）

・終末的社会において人々の心の支えになっている、一大宗教組織

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　《崩壊の日》以降に乱立した宗教組織の一つにして、その中では最も成功しているもの。略称「新世会」。
　３０年間急成長を続けており、各国に支部が存在する。
　＜黒のシュヴェーアト＞を守護女神として崇め、心輝者たちを「女神の声を聴いた聖女」として捉えている。

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■破滅教団（はめつきょうだん）

・滅びによる世界の救済を目指す宗教組織にして、テロ集団

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　《崩壊の日》以降に乱立した宗教組織の一つ。
「滅びは唯一の救済である」と唱えており、信徒が他者を巻き込んで死亡するという事件を幾度も引き起こしている。
　一方で「人は幸福のうちに滅びなければならない」という考えから、貧しく孤独な人々に対する奉仕活動も行っており、表裏のある組織である。
　多くの信徒は教義を心から信じているが、組織の中枢は腐敗しており、信徒からの搾取や保身に躍起になっているという矛盾が起きている。
　テロの為の実働部隊を組織しており、そこには心輝者を何人も引き入れている。